我采用的方法分为三个步骤：

1、Demux
将蓝光碟中的m2ts文件分解成视频、音频和字幕三个独立的文件，使用的软件是tsMuxeR，找到对应的m2ts文件（一般位于蓝光盘的\BDMV\STREAM目录下，一般找体积最大那个m2ts文件，但也有一些是分成了很多小文件的，用PortPlayer之类的播放器播放看看就知道），选择视频、对应的音轨和字幕（还是用PortPlayer播放看看音轨和字幕），再设置Demux方式和输出目录即可。


2、转换视频
使用ffmepg，将H.264编码的1080P原始文件缩小到720P，采用了2次编码的方法，以下是自己琢磨的参数，IN和OUT代表输入和输出文件名，使用命令行方式，速度就可看你电脑的性能了，在偶的i3 530CPU上，2小时10分钟的片子，需要10个小时左右：
ffmpeg -i IN -an -s 1280x720 -vcodec libx264 -level 4.1 -pass 1 -preset slow -f rawvideo -threads 0 -b:v 5000k -x264opts frameref=6:fast_pskip=0 -y nul

ffmpeg -i IN -an -s 1280x720 -vcodec libx264 -level 4.1 -pass 2 -preset slow -f matroska -threads 0 -b:v 5000k -x264opts frameref=6:fast_pskip=0 OUT

3、Remux
将转换后的视频、视频和字幕（可以是自己找的srt之类的格式）合并成为mkv文件，使用了mkvtoolnix中的mkvmerge工具（图形化界面mmg.exe），将相应的文件加入即可。如果有多个源文件，可以用append的方法合并成为一个mkv